Kendskab til det homøopatiske princip – lighedsprincippet – inden for lægebehandling kan spores helt tilbage til Hippocrates. Han opdagede, at plantestoffer i bitte små doser kunne helbrede samme symptomer som de i store doser ville have fremkaldt.

Først langt senere, omkring 1790, blev den tyske læge og kemiker Samuel Hahnemann opmærksom på dette princip, da han i sit arbejde opdagede, at et plantestof der brugtes mod malaria ville fremkalde malarialignende symptomer, hvis man gav det til en rask person i små mængder.

Hahnemanns forskning var først og fremmest drevet af et ønske om at gøre sine patienter raske uden at skade dem. Datidens konventionelle medicin havde ofte forfærdelige bivirkninger, og Hahnemann var overbevist om at der måtte kunne findes et system, som kunne helbrede sygdomme uden samtidig at gøre skade. Han var af den overbevisning, at mennesket, dyrene og naturen har en iboende kraft der opretholder indre balance, og at der måtte være en metode for, hvordan man kunne påvirke denne dynamik til at få kroppen til at selvhelbrede hvis der opstod sygdom eller ubalance. –Altså, der måtte findes et overordnet system som kunne påvirkes til at igangsætte de inaktive helende kræfter i den menneskelige organisme.

Under sin forskning eksperimenterede han med medicinske planter – ikke på syge mennesker men på raske! Han var nemlig interesseret i hvad hvert enkelt plantemiddel kunne forårsage i den raske menneskelige organisme for at opnå viden om, hvad lægemidlet modsat ville kunne afhjælpe hos den syge. Han kaldte denne proces for en "prøvning". Til sin store overraskelse opdagede han, at hvert enkelt af lægemidlerne hos de raske ”prøvere” producerede symptomer som var lig de symptomer de var kendt for at kunne helbrede hos den syge!

I de kommende 50 år forsatte Hahnemann og hans kolleger med at ”prøve” forskellige lægemidler. Alle de symptomer der fremkom blev nøje og detaljeret noteret ned, fra fysiske symptomer og ændringer i ”prøverens” psykiske og mentale tilstand til forandringer i det generelle velbefindende.

I 1810 udgav han sin bog ”Organon der Heilkunst”, som forklarer fremgangsmåde og principper i hvad Hahnemann kaldte ”Den sande helbredelses kunst”. Klassiske homøopater følger den dag i dag disse principper.

Ordet ”homøopati” er sammensat af de græske ord homeios, som betyder lignende, og patos som betyder lidelse eller sygdom. Hahnemann formulerede det overordnede princip for behandling af sygdomme i sætningen ”Similia similibus curentur” (lignende helbredes med lignende).